Faza  “Industrijskog istraživanja” započeta je 29.09.2024. te će se provoditi narednih 20 mjeseci, a sastoji se od:

1. Istraživanje novih supstanci i metoda za identifikaciju i kvantifikaciju mesnih i biljnih uzoraka (TRL 2)

Cilj je razviti reagens koji prilikom ionizacije u spektrometru masa reducira naboj peptidnih iona i na taj način omogućava selektivnu fragmentaciju pozitivnih i negativnih peptidnih iona u smjeru jasnog iščitavanja aminokiselinskih sekvenci peptida.

Biti će razvijena i inovativna analitička metoda analize peptida mesnih i biljnih uzoraka koja mora zadovoljavati uvjet brzine i pouzdanosti. Prema pripremljenim uzorcima od strane partnera HVI biti će provjerena validnost metode, prvo na laboratorijskim uzorcima (mješavine poznatog sastava), a onda i na nepoznatim uzorcima (mješavine nepoznatog sastava).

2. Izrada istraživačkog programskog paketa za identifikaciju i kvantifikaciju mesnih i biljnih uzoraka (TRL 3)

Conscius d.o.o. će izraditi programski paket, temeljen na istraživanjima iz područja umjetne inteligencije i ekspertnih bioinformatičkih sustava, koji je neophodan kako bi se dokazao koncept određivanja uzoraka u smislu identifikacije porijekla vrsta u uzorcima i količinskih omjera istih. Biti će izrađen algoritam i programsko sučelje koji će biti testirani na izlaznim rezultatima spektrometra masa od strane IRB i HVI. Testiranje programskog paketa biti će izvršeno na laboratorijskim uzorcima (mješavine poznatog sastava), a onda i na nepoznatim uzorcima (mješavine nepoznatog sastava). Navedeno će se provesti usporedbom rezultata pretrage dva organizma srodnih vrsta što predstavlja najbolji PoC suptilnog razlikovanja vrsta. Izraditi će se zasebna baza od više tisuća genoma (podvrste Shigella spp. i E. Coli spp.) te će se proteomskom analizom jednostruko nabijenih iona dobiti aminokiselinski zapisi analiziranih peptida. Potvrda PoC će uspješno razlikovati u 10 uzastopnih analiza Shigella spp. i E. Coli spp. 3.

3. Transfer i implementacija bioanalitičkih metoda (TRL 4)

Putem laboratorijskog prototipa će se dokazati istraživačku hipotezu da je putem proteomskih istraživanja moguće odrediti porijeklo vrsta u mesnim i biljnim uzorcima i odrediti količinu, tj. udio zastupljenosti. Za navedeno je potrebno istražiti reagens koji reducira naboje u spektrometru masa (IRB) te razviti prilagođene metode uz upotrebu navedenog reagensa, a koje će se nadograđivati i provjeravati od strane HVI.
HVI će također izraditi uzorke patvorenih mješavina, analizirati ih te testirati metodu transferom uzoraka na IRB. U konačnici će se provoditi slijepa dvostruka testiranja (IRB i HVI) na realnim uzorcima nabavljenih od strane HVI.
Partner Conscius d.o.o. u transferu i implementaciji bioanalitičkih metoda ima ulogu središnje poveznice izrade baze podataka i pretražnog algoritma, a koji će se testirati od strane IRB i HVI. U povratnoj sprezi IRB i HVI će raditi korekcije programskog paketa transferom stečenih znanja tijekom testiranja rada programskog paketa. Na navedeni način će prijavitelj IRB te partneri HVI i Conscius d.o.o., biti povezani transferom znanja i tehnologija.
Uspjeh uspostave laboratorijskog prototipa biti će razlikovanje vrsta unutar 5% mase patvorine od mase ukupnog proizvoda između 100 selektiranih vrsta, koje mogu postati patvorine gotovog proizvoda.